maze 株式会社メイズ

AssEST は UniGene Cluster や dbEST で公開されている全ての mRNA や EST を 配列類似性によりクラスタリングしたデータベースです。
転写産物をクラスタリングすると種類「由来遺伝子」、 構造「多型・Alternative Splicing」、量が見えると言われております。
クラスタリングした転写産物から、仮想的な最大長の　cDNA(コンセンサス配列)を 全クラスター毎に作成し、ゲノム塩基配列に位置付けておりますので、 全てのコンセンサス配列にエクソン境界を提示、 EST の転写方向の予測、 Splising Variant 候補の提示、等々の情報が直感的に確認できます。 また dbSNP と AssEST で予測した候補 SNP も統合しています。

• 注目の断片配列から類似性を示すコンセンサス配列を抽出し、そのコンセンサス配列を抽出したクラスタに属する配列集団を一気に検出することができます
• Human, Mouse, Rat のホモログ遺伝子の横断検索ができます
• コンセンサス配列とコンセンサス配列を生成した mRNA と EST のアライメントが参照できます
• 既知タンパク質との類似性が得られます
• dbSNP と AssEST の予測した候補 SNP へのアノテーションが付けられております
  例)エクソンにあれば、UTR 或いは ORF, ORF にあれば、synonymous 或いは non-synonymous,
  non-synonymous であれば、モチーフ内,保存性の有無
  イントロンにあれば、プロモーター内かどうか
• 注目遺伝子の イントロン-エクソン のジャンクションシークエンス 或いは、上流、下流のシークエンスの獲得ができます
• Alternative Splicing 候補の検出ができます
• 発現組織情報の条件検索にして遺伝子の検出ができます
• STS や Cytoband を検索条件にしたサーチができます

• 注目断片配列の概要の情報(オーバービュー)が直ちに検出できます
• in silico で 5'-RACE, 3'-RACE の立案ができます
• cDNA の完全長配列の取得が可能です
• EST の機能予測が即座に可能です
• プライマー設計ができます
• UniGeneID で、UniGeneCluster 及びその遺伝子の Splicing Variant 候補の検出が可能です
• 疾病関連遺伝子の検索や SNPs のリストアップと絞込みが直ちに行えます
• 注目のゲノム領域から、遺伝子(既知、未知)や SNPs (アミノ酸変化有無)のリストアップが可能です
• 遺伝子領域、エクソン領域情報の収集
• 転写制御領域候補の収集が可能です
• 網羅的エクソン領域のリストアップが可能です
• 検出したアミノ酸置換を伴う SNP 候補の生化学的機能変化が参照できます
• 蛋白質構造の変化を伴う cSNPs 抽出に威力を発揮します