バイオ事業 プロテオーム解析支援

addgene-NR

遺伝子名を並列表示するアミノ酸配列データベース 蛋白質配列データベースNCBI Nrに由来遺伝子を関連付けたプロテオーム研究に有用なアミノ酸配列データ

addgene-NRとは？

addgene-NRは、NCBI NRにエントリーされているアミノ酸配列に、それぞれの由来遺伝子を関連づけ並列表示したアミノ酸配列データ（FastaFile）です。addggene-NRを用いて検索をおこないますと、類似性の高い蛋白質が多数ヒットしてしまう原因を簡単に確認することができます。NCBI Nr のDescription の先頭に遺伝子のID（UnigeneID）を付与したことにより、蛋白質同士が同じ遺伝子のAlternative Splicing-Variantであるか、もしくは、異なる遺伝子のファミリーなのか一目見ただけで判別することができます。

addgene-NR特徴

addgene-NR特徴
NCBI NRには、同じ遺伝子のAlternative Splicing Variantや異なる遺伝子のファミリーのアミノ酸配列が含まれている。検索結果から、その違いを一目見ただけで、判別するのは困難である。
Descriptionの先頭にUnigeneIDを付与することにより、同じAHSP70でもUnigeneIDが異なることからスプライシングではなく、異なる遺伝子であることが一目で判る。
addgene-NR特徴

addgene-NRの作成フロー（NCBI NRと遺伝子の関連付け）

NCBI NRに対して、各シーケンスのgiナンバーとUnigeneIDを関連付けNrのDescription行の先頭にUnigeneIDを付与する。
addgene-NRの作成フロー
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Addgene-NRは、どなたでもダウンロードし無料でご利用いただけます。
addgene-NRは、毎月更新しています。
（アミノ酸配列データベース addGeneNRfree (無償）でダウンロードするファイルを選択して下さい）

addgene-NRを検索エンジンにセットアップするための手順書は、 こちらをご参考にしていただければ、簡単にセットアップできます。