バイオ事業 ゲノム・トランスクリプトーム解析支援

アノテーション収集サービス


アノテーションコレクタは現在公開しておりませんが、アノテーション収集サービスをご提供しております。
お問い合わせフォームより、ご質問、資料ご請求を承っております。


遺伝子・タンパク質のアノテーション情報を公共データベースから一度に収集・一覧表示するソフトウェア。非モデル生物でも 網羅解析でも オーソログやホモログ検索でももっと楽をしたい人のためのアノテーション収集ツール

Blast＋自動アノテーション収集／配列からオーソログ・ホモログのアノテーションを自動で収集

サッとできないアノテーション検索・収集作業

  • 遺伝子発現解析やプロテオームでの蛋白質同定など多量データ
  • やっと集めたアノテーション情報を一つひとつノートに転記
  • アクセッション番号をまとめてGOやPathwayIDに変換
  • 配列が少ない生物種は、Blastして相同配列探してアノテーション検索・・大変
一気に解決

AnnotationCollectorとは？

「遺伝子発現解析やMS での蛋白質同定結果などの網羅的な測定結果に対するアノテーションを簡単に素早く収集するツールはないの？」このような研究者の声から生まれました。遺伝子／蛋白質のアノテーションを収集・一覧表示するソフトウェアです。

主な特徴

１回の検索で、１遺伝子につき最大２０項目(GeneID,RefSeq,GO,KEGGなど)以上のアノテーション情報を検索／収集します。（検索対象のアノテーションは最大２０項目以上）
アノテーションコレクタ

検索対象アノテーション項目一覧
アノテーション項目 検索DB
Gene ID NCBI
Gene Search item NCBI
Official Symbol NCBI
Official Name NCBI
Primary source NCBI
Organism NCBI
Gene aliases NCBI
Genomic Maps UCSC
UniGene ID NCBI
MIM (OMIM ID) NCBI
RefSeq mRNA Sequence NCBI
RefSeq Product NCBI
RefSeq Source Sequence NCBI
NCBI Nucleotide Definition NCBI
UniProt_ENTRY NAME UniProt
UniProt_ACCESSION NUMBER UniProt
UniProt_Comment UniProt
UniProt_EC Number UniProt
GeneOntology:molecular_function GO
GeneOntology:biological_process GO
GeneOntology:cellular_component  GO
Kegg Kegg
PubMed Link NCBI
Conserved Domain (All the options are defaults.) NCBI
Conserved Domain (All the options are defaults.) add Score ,E-value NCBI

検索結果は、見やすく一覧表示します

  • １行に、1遺伝子、そして検索収集したアノテーションを一覧表示します。
アノテーションコレクタ
  • 同時に複数のクエリーを投入し検索がおこなえます。
    複数投入して検索が完了するまで、他の作業に時間を費やせます。
  • 遺伝子発現解析や、MSでの蛋白質同定結果などの網羅的な測定結果へのアノテーション検索作業に便利！クエリー 数に上限はありません。
アノテーションコレクタ

GeneSymbolなどのキーワードでアノテーションを収集できます

アノテーションコレクタ

検索ごとに公共データベースへアクセスするので、常に最新の情報を収集できます

最新の公共データベースに検索します。インターネット経由で弊社のAnnotationCollectorサーバにアクセスしご利用いただきます。
アノテーションコレクタ

検索結果を見やすく一覧表示します。パッとひと目みただけでアノテーションの有無に気づくことができます

アノテーションコレクタ

更にこのような特徴があります

  • 公共データベースのリンク先の情報を手繰り寄せるコツはいりません。
  • 一覧表示しますので、ブウラザと格闘する必要はありません。

何ができるの？

  • アノテーションコレクタを使えば、主要なアノテーションを一発で取得できます。ターゲットが多い場合でも検索漏れの心配がありません。
  • 自分でNCBIに検索するのと、結果に違いはありません。しかし、実際に試していただきますと、アノテーションの有無が一覧表示されますので、更新や検索漏れの有無に気づく場合があります。
  • 検索対象の遺伝子／蛋白質が、数十〜数百ある場合でも、まとめて同時に検索し、結果を一覧表示することができます。網羅的な多量の測定結果にアノテーションを付与する際の手間や労力を大幅に省くことができます。
  • NCBI Entrezの概略を一覧表示できるので、見落としがちな最新情報や重要情報がパッとひと目で把握できます。
  • GOA(Gene Ontlogy Annotation)のGO Termが楽に収集できれば充分。多機能でなく、安価なソフトがあれば。というご要望にストレートにお答えできます。
アノテーションコレクタ

非モデル生物でも、オーソログ、ホモログ検索でも、Blast検索から相同配列のアノテーション検索・収集作業を自動化することができます

  • 一般的に、非モデル生物の遺伝子資源は公共データベースでさえも登録情報が少ないです。
    しかし、参考になる情報を探すために既知蛋白質データベース（NCBI Nr）にBlastし相同性のある配列をリストアップしてから、その由来遺伝子のアノテーションを収集する作業が考えられます。
  • AnnotationCollectorを用いれば「Blastで相同配列を検索し、由来遺伝子のアノテーション検索・収集作業」を自動化することができます。収集した結果は、見やすく一覧表で表示されますので、欲しいアノテーションの有無や詳細を一目瞭然で評価することができます。また、Blastはマルチファスタファイルに対応していますので、一度にたくさんのターゲット配列を投入し検索・収集・表示まで自動でおこなうことができます。
  • 例えば、一覧表をMS-EXCELなどで編集すればデータのまとめ作業も楽に進めることができます。
アノテーションコレクタ
アノテーションコレクタ